Po rozdelení Mukačevského biskupstva sa v roku 1818 stáva Prešovské biskupstvo samostatným. Vtedy Košice nemali ani svoju gréckokatolícku farnosť ani svojho kňaza. Gréckokatolícki veriaci patrili do farnosti Zdoba, malej dedinky asi 6 km východne od Košíc. Veriaci v Košiciach pribúdalo, preto biskupstvo v Prešove vymenovalo v roku 1850 pre farnosť Zdoba kaplána, pastoračne povereného spravovaním Košíc, a to v osobe Dr. Michala Michalicsa, ktorý súčastne vyučoval gréckokatolícke náboženstvo na gymnáziu v Košiciach. Košický rímskokatolícky biskup Jozef Kunszt povolil slúženie gréckokatolíckych bohoslužieb v Michalskej kaplnke pri Dóme sv. Alžbety, avšak to trvalo krátky čas.
V decembri 1852 Dr. Mihalicsa vystriedal v pastoračnej službe o. Matej Bräuer, ktorý ako prvý už košický farár, konal bohoslužby na Pivovarskej ulici v prenajatej miestnosti, neskoršie v rímskokatolíckej seminárnej kaplnke a potom v premonštrátskom kostole na Hlavnej ulici. Gréckokatolíci však potrebovali už stálu pastoračnú starostlivosť, preto sa púšťa do stavby fary, pre ktorú získal pozemok „ za hradbami“, na mieste, kde v 14. storočí pretekala rieka Hornád. Vzhľadom na dané podmienky boli práce na stavbe fary a neskoršie i chrámu veľmi ťažké. Roku 1870 však o. Matej Bräuer po veľkých útrapách a vyčerpanosti ako 61 ročný zomiera. Po jeho smrti preberá starosť o farnosť jeho zať o. Anton Brinský.
Roku 1879 prešovský biskup Mikuláš Tóth menuje za správcu farnosti o. Júliusa Viszlockého a dňa 25. 4. 1882 sa slávnostne kladie a posviaca základný kameň gréckokatolíckeho chrámu v Košiciach. Na vtedajšie časy to bolo hrdinské rozhodnutie malého počtu gréckokatolíckych veriacich, ktorých bolo celkom 1484 duší. Chrám v románsko – byzantskom štýle projektoval Schmidt, Kolatsek a Wirth. Chrám je dlhý 46m, vysoký je 17m a jeho šírka je 14m. Veže chrámu boli postavené vďaka finančnému prispeniu grófa Andrášiho z Krásnej Hôrky, ktorý r. 1895 pomohol ich k dokončeniu. Maľby interiéru sú dielom Jozefa Királya. Z jeho diela sa dodnes zachovali iba obrazy evanjelistov na prostrednej klenbe.
Po smrti o. Viszlockého, roku 1908, nastupuje na miesto košického farára o. Mikuláš Csoma, ktorý zaobstaral pre chrám všetky potrebné náležitosti interiéru: oltár, kazateľnicu, spovednice i sakrálne veci: kalichy i rúcha. V roku 1910 sa realizovala nová maľba chrámu. Roku 1919 bol menovaný za košického farára arcidekan o. Pavol Rokiczky, ktorý interiér chrámu obohatil o dva bočné oltáre so vzácnymi maľbami akad. maliara Halásza a Jordana. Jeho 31 ročné pastoračné pôsobenie v Košiciach bolo najdlhšie. V Košiciach pôsobil až do r. 1950, kedy v rámci likvidácie gréckokatolíckej cirkvi (začala sa tzv. prešovským „ P“ soborom 28. 4. 1950 ) musel svoju kňazskú službu ukončiť, bol deportovaný do väzenia, odkiaľ ho ťažko chorého previezli domov. Zomrel na sviatok sv. Cyrila a Metoda 5. júla 1952 v Prahe – Bohniciach. Po prevezení do Košíc mu nebol povolený cirkevný pohreb, a preto ho rodiny pochovala na verejnom cintoríne sama.
V rokoch 1950 – 1968 bol chrám v užívaní pravoslávnej cirkvi. V apríli r. 1968, po obnovení činnosti gréckokatolíckej cirkvi, sa ďalším správcom košickej farnosti stal o. Bartolomej Demko, ktorý spolu s o. kaplánom o. Viktorom Skorodenským za aktívnej účasti veriacich znovu obnovili bohoslužobný život. Roku 1979 sa správcom farnosti a zároveň dekanom stáva o. Viktor Skorodenský, ktorý spolu s kaplánom o. Vojtechom Boháčom zaslúžil o zrenovovanie interiéru aj exteriéru chrámu (rekonštrukcia strechy, vytvorenie bočných vchodov). V práci medzi košickými gréckokatolíkmi pokračovali o. Gabriel Székely, ktorý započal maľbu interiéru chrámu a rekonštrukciu farskej budovy, o. Cyril Jančišin, ktorý sa zaslúžil o rekonštrukciu ikonostasu a podlahy. Zároveň sa postaral o pastoračnú správu gréckokatolíkov na košických sídliskách. V samotných Košiciach je teraz 5 gréckokatolíckych farností: Košice – Staré mesto (katedrála), Košice – Západ, Košice – Nad Jazerom, Košice – Dargovských hrdinov (Furča), Košice – sídlisko Ťahanovce.
V roku 1997 sa košický chrám stal katedrálou – sídelným chrámom košického apoštolského exarchu vladyku Milana Chautura, C.Ss.R., čím sa začali písať nové dejiny košických gréckokatolíkov. Za prvého farára novej katedrály bol menovaný o. Marko Rozkoš. V roku 2007 je menovaný nový farár o. ThLic. Pavol Bardzák. 30. januára 2008 na sviatok Troch svätiteľov je na Slovensku zriadená gréckokatolícka metropólia sui iuris: arcibiskupské sídlo je v Prešove, zriadená nová eparchia v Bratislave a košický apoštolský exarchát je povýšený na eparchiu. Vladyka – exarcha Milan Chautur C.Ss.R., je zároveň menovaný za eparchu – sídelného biskupa v Košiciach.